Filtračné materiály slúžia na rôzne účely: majú z vody odfiltrovať suspendované látky (mechanická filtrácia), majú poskytnúť priestor na usadenie baktérií rozkladajúcich znečisťujúce látky (biologická filtrácia) alebo majú z vody odstrániť škodlivé látky (chemické/absorpčné filtračné materiály). Samozrejme, mechanické filtračné materiály sa po určitom čase stávajú aj biologickými filtračnými materiálmi
Vo filtri by ste mali vždy filtrovať od hrubého po jemný, pretože jemný filtračný materiál sa na začiatku príliš rýchlo upchá. Hrubá filtračná špongia alebo filtračná keramika (JBL Cermec) je ideálna pre prvý stupeň filtrácie. Na biologickú filtráciu ponúkajú JBL Sintomec a JBL Micromec najväčšiu plochu pre baktérie, ktoré rozkladajú škodlivé látky. Na odfiltrovanie farbív a zvyškov liekov je k dispozícii aktívne uhlie (JBL Carbomec activ a Carbomec ultra). Na odfiltrovanie dusičnanov podporujúcich riasy sú k dispozícii JBL NitratEx a JBL BioNitrat Ex. Proti riasam